Бруховецький побачив, що вийшло погано і писав до царя, щоб він прислав ще більше московського війська на Україну: він думав через те військо вдержатись на гетьманстві. А тут почали прибувати на Україну московські воєводи з московським військом. Окрім Києва, воєводи сіли в Прилуках, Лубнах, Гадячі, Миргороді, Полтаві, Батурині, Глухові, Сосниці, Новгороді-Сіверському, Стародубі. Московське військо лилося на Україну, як колись польське. Разом з воєводами наїхали з Москви урядники і почали переписувати всіх людей в городах і в селах: записували землі, млини, ліси, заводи, пасіки і все обкладали податками для царя. Московські воєводи грубо обходились з козаками і з міщанами, обдирали їх, лаялись паскудними словами, безчестили молодиць та дівчат, били козаків палицями. Сам Бруховецький жалівся в Москву, що переяславський воєвода Вердеревський бив його зятя, Михієнка, посадив без вини, в тюрму, гетьманським людям не дав косити сіна. В Полтаві московський воєвода Хитрово ставив Москалів в козацьких хатах, лаяв козацького полковника і його жінку паскудними словами, козаків бив палицею, вибивав їм очі, плював в лице, випихав в шию, безчестив дівчат. Козаки кидали козакування і приписувались в міщан.
На Україні схопилось проти воєвод повстання. Поперед усього в Переяславі. Якийсь чоловік в Переяславі, Петрушка Челюсткин, родом москвич, але давно живучий в Переяславі змовився з козаками вирізати всіх московських людей. Бруховецький дізнався про се і звелів закувати Петрушку в кайдани і одіслати в Москву. Швидко після того, літом, як полковник Єрмоленко стояв з своїм полком в слободі Богушкові, його полк збунтувався: козаки вбили Єрмоленка, пішли в Переяслав, вирізали московське військо і запалили половину города. Бруховецький сидів тоді в Гадячі. Він дав знати в Київ воєводі Шереметєву і обидва вони разом, з Києва та з Гадяча, рушили на Переяслав і задавили бунт. Ватажків повстання вхопили і постинали голови одним в Києві в Шереметьєва, другим в Гадячі, в гетьмана. Разом з тим за Дніпром декотрі городи Бруховецького передались до Польщі.
Тим часом проти Бруховецького та Москви піднімалося і Запорожжя. В Січі ще й досі сидів московський воєвода Касогов, той самий, що разом з Сірком воював з Поляками. В його було п’ятсот чоловік московського війська. Запорожці почули, що виробляють в українських городах воєводи з гетьманом і почали кричати, що вони готові пристати до Дорошенка і татар. Вони зараз скинули з місця отамана Леська Шкуру за те, що він знався з московськими воєводами, Касоговим та Шереметьєвим і вибрали отаманом Рога, московського ворога. Московський цар тим часом послав уже московське військо в Кодак, невеличку твердиню на Дніпрі, з котрої можна було напасти на Січ і держати запорожців в московських руках. Ріг написав до Бруховецького лист, в котрому він говорив, що запорожцям в Кодаку Москва непотрібна і що Бруховецькому не приходиться дражнити запорожців, бо хоч він має царську ласку, але став гетьманом через запорожську ласку й поміч. Кошовий отаман заборонив козакам навіть ходити до Касогова і знатися з ним. Касогов мусів утікати з Січі, а Ріг послав запорожців в Кодак не пускати туди московського війська. Окрім того січовики послали двісті козаків на Україну, в Полтаву, щоб впіймати самого Бруховецького і підняти проти його Полтавців.
Саме в той час прийшла вістка на Україну, що цар Олексій помирився з королем. Як ми вже говорили попереду, Поляки вигнали московське військо з Білої Руси. Цар мусів миритись з ним і оддав Польщі половину України по сам Дніпро, все Поділє, Київщину і Білу Русь. Один тільки Київ з повітом, до Трипілля та Стайок зостались при гетьмані Бруховецькому та під Москвою.
Сей мир стає 1667 року в Андрусові і тим зветься андрусівським. Цілою половиною України поступився Польщі московський боярин Ордин-Нащокін, що переговорювався з Поляками в Андрусові. Цар обіцяв ще до того заплатити один мільйон золотих, чи двісті тисяч карбованців тим польским панам, котрі мусили перебратись з гетьманщини Бруховецького на польський бік Дніпра і покинути свої маєтності. Цар з боярами оддали Польщі половину України, а козаків навіть про те й не спитали, не тільки що не покликали на раду в Андрусів… В Андрусові постановили, що Запорожжя зостається під московським царем, але щоб і цар і король мали право оборонятись од татар запорожським військом і забороняти їм плавати по Чорному морі, нападати на турків, щоб не роздражнити турецького султана.
Сей андрусівський мир лягав важким каменем на Україну, а ще важчим на Запорожжя. Поляки говорили боярам, що треба розділити Україну між Польщею й Москвою, щоб зовсім знести козаччину, тобто, щоб вигубити саму силу України, а потім господарювати на Україні, як Польщі й Москві буде завгодно, бо вже ніхто не буде мати сили оборонятись од їх обох. На Запорожжі пішла чутка, що московський цар хоче миритись і з татарами. В Крим до хана їхав уже московський посланець Ладиженський з гостинцями і з листами до хана. З ним їхали і татарські посланці. Запорожці побачили, що їх хотять уже здавити з трьох боків: з Польщі, з Москви і з Криму; вони перейняли на дорозі Ладиженьского, привели в Січ, забрали в його гроші і папери і сховали в Січі. Новий кошовий Остап Васютенко вговорив козаків на раді випустити Ладиженського. Його випустили ще й для проводу послали з ним сорок козаків. Тільки що вони за дві верстви одплили по Дніпру, їх догнали козаки на човнах і звеліли їм пристати до берега. Козаки звеліли москалям розібратись і тікати в воду. Тільки що вони кинулись в воду, на їх почали стріляти з рушниць. Куля потрапила в Ладиженського і він потонув. Після того Запорожці постановили пристати під руку Дорошенка, йти на Україну і виганяти московських воєвод, щоб вони не дерли податки з братів Українців.
Нелюбов до Бруховецького і до його приятелів, московських воєвод виросла та прибільшувалась, а воєводи та московські збирачі податків дерли і з козаків і з селян, скільки можна було здерти. Воєвода Волконський в Полтаві записав козаків між міщанами і брав з їх податки і чинш з пасік. Московські перепищики їздили по селах п’яні і брали в свої кишені з чоловіка по шагу й по два шаги. Разом з Москалями обдирали народ і козацькі полковники, наставлені Бруховецьким, а не вибрані козаками. Полтавський полковник Витязенко за малу провину одбирав у мужиків товар і коні, загадував мужикам возити йому дрова. Козаки й селяни ненавиділи московських збирачів податків, ловили їх і били. Міщани й селяни не любили козаків за те, що вони й собі брали з їх податки в гетьманський скарб. Всі згоджувались в тому, що Бруховецький накликав на їх московську пеню: воєвод, москалів та московських переписувачів і збирачів усяких податків. Всі ненавиділи гетьмана.
Тим часом гетьман Дорошенко зовсім піддався під власть турецького султана і його думка, за поміччю турків і татар, одбитися од Москви і од Польщі чим далі тим більше розходилась між козаками. Ще перед андрусівським миром, зимою 1666 року, Дорошенко зібрав під Лисянкою козацьку старшину і говорив, що треба вигнати з України всіх Поляків в Польщу, передатися під власть турків і татар і потім з ордою йти на Бруховецького за Дніпро, щоб вирвати з рук царя сусідню Україну: Старшина одного полка почала кричати на Дорошенка: “ти татарський гетьман! тебе постановили татари, а не військо вибрало; ми поїдемо до короля!” “Про мене, їдьте й зараз! ви на мене не кричіть; я вас не боюсь”. З сими словами Дорошенко поклав булаву і пішов собі в город: то був знак, що він одрікається од гетьманства. Полковники і вся старшина догнали Дорошенка вернули назад і знов настановили гетьманом.
Тоді Дорошенко дав знати в Крим і Царгород, що Україна передається під власть султана та кримського хана. Тоді султан звелів ханові Аділь-Гиреєві, щоб він ішов з татарами на Польщу. Восени 1667 року хан послав татарського царевича Девлета-Гирея на Україну. Царевич кинувся на гетьманщину Бруховецького, на Крилов, Переяслав, Ніжин, набрав тисяч з п’ять бранців, оступився під Умань і через два місяці злучившись з козаками, рушив на короля. Козаки й татари рушили на Межибіже, розбили до останку польське військо, взяли в полон польского воєводу Маховського і в кайданах послали в Крим. Після того татари й Дорошенкові козаки кинулись під Львів, Камянець, набрали в полон шляхти, жінок, дітей та жидів.
Москва стривожилась; вона боялась, щоб Дорошенко і справді, за поміччю татар, не одняв од неї усієї України. Московський воєвода Шереметьєв слав листи до Дорошенка, просив його одкаснутись од татар і пристати до Москви. Шереметьєв послав свого посланця в Чигирин, намовляв митрополита Йосифа Тукальского, печерського архімандрита Інокентія Ґізеля, Юрія Хмельницького, щоб вони вговорювали Дорошенка приставати до Москви, слав Дорошенкові дари, щоб вірно служив королеві й цареві. Але Дорошенко був не з таківських. Він ненавидів Польщу, не йняв віру Москві і одказував Шереметьєву, що він боярства з Москви для себе не хоче, до короля не пристане, а до царя готов би й пристати, як би він не слав своїх воєвод на Україну та не зачіпав козацьких прав та вольностей. Дорошенко докоряв московським воєводам, що вони роздерли Україну на дві половини, хотять з Поляками знести козаччину, наслали московських писарів записувати людей і брати податки на царя по московському звичаю. Дорошенків брат, Грицько, писав до московських воєвод, що гетьман може-б і привернувся до царя, як би йому дали гетьманство на обох боках Дніпра, скинувши Бруховецького.
Бруховецький бачив, що на його з усіх боків збирається лихо. Старшина, духовенство і народ Запорожжя ненавидять його за його братання з Москвою. Він бачив, що все піднімається проти Москви і задумав і собі встати на Москву, щоб вернути собі ласку Козаків і народу. Бруховецький задумав одірвати Україну од Москви.
В той час вертався на Україну архієрей Методій, лютий ворог Бруховецького. Методія кликали в Москву на суд, що тоді нарядили над московським патріархом Никоном і він пробував в Москві більше пів року. Бруховецький боявся Методія, як московського приятеля, боявся, що він буде про все писати в Москву і викаже заміри Бруховецького. Але Методій вертався з Москви вже московським ворогом. В Москві прийняли Методія вже не так щиро, як попереду. Методій хотів стати київським митрополитом, йому сього не дали. Раз він попросив собі в царя соболів, і соболів йому не дали, а виряджаючи в дорогу, наказали, щоб вів покорився гетьманові, не лаявся з ним.
Саме тоді, як Методій їхав з Москви просто в Гадяч, тодішню столицю Бруховецького, Бруховецький послав посланців до печерського архімандрита Ґізеля, котрий тоді проживав в Смілі, в маєтності Печерського монастиря. Посланці кликали Ґізеля в Гадяч до гетьмана. Ґізель злякався; він був не в ладу з гетьманом, одначе хоч-не-хоч мусів їхати. “Чого на мене сердитесь і в Печерській обителі за мене Богу не молитесь?” спитав в архімандрита гетьман. “Ми не бажаємо тобі ніякого лиха, сказав архімандрит, але бачимо твою неласку до нас: твої Козаки граблять монастирські маєтності, беруть коні, товар, хліб, обижають нас і людей”. “Я сього більше не дозволю Козакам, сказав гетьман: я чув, що до нас їде Методій. До сього часу було в нас тихо, а як приїде, то начнеться лихо. Поговори з ним отче, щоб він зо мною помирився”.
Надаремно гетьман боявся! Методій сам прийшов до його миритись. Методій розказав, як його погано витали в Москві, не хвалив московських архієреїв, московських норовів, розказав, що він сподівається од Москви для України багато лиха, що московський воєвода, Ордин-Нащокін веде на Україну велике московське військо, хоче силою забрати всі українські городи. Гетьман і Методій знов стали приятелями по давньому. Методій видав свою дочку за гетьманового небожа. Вернувшись з Гадяча у свій рідний Ніжин, Методій перед усіма кляв Москву, лаяв тамошніх архієреїв та воєвод і писав Бруховецькому, щоб він стерігся, щоб його не потягли за шию в Москву.
В той час Дорошенко через митрополита Тукальского переговорювався з Бруховецьким. Тукальский писав до його листи, що Дорошенко оддасть йому гетьманську булаву і як тільки він встане на Москву і вижене Москалів з України, то забере під свою руку, всю Україну.
Тоді Бруховецький скликав своїх полковників в Гадяч на потайну раду, і почав міркувати, яким би способом витурлити Москву з України. Полковники слухали, але не дуже поняли віри. Бруховецький зараз примітив теє, заприсягнувся і поцілував хрест. Полковники й собі заприсяглись перед ним і поцілували хрест.
Швидко після того була друга рада, по другий бік Дніпра, в Чигирині, в другого гетьмана. На ту раду зібрались: гетьман Дорошенко, митрополит Тукальский, чернець, Юрій Хмельницький, Дорошенкові полковники і вся старшина, татарські посли з Криму, чернець, присланий од Методія і посланець од Бруховецького.
На сій раді Дорошенко постановив, щоб, Українці на обох боках Дніпра жили в мирі та в згоді, щоб вся Україна привернулась до турецького султана і платила йому податок, як платить волоський князь. Турки й татари будуть обороняти Україну і ходити на Польщу й Москву. Юрій Хмельницький сказав: я викопаю ввесь батьківський скарб, дам плату татарам, аби тільки не бути під рукою московського царя та польського короля. На тій раді постановили побити по всій Україні царських воєвод та московське військо. На тій раді були посли і з Запорожжя. Вони присягли за Січ, що зостануться під рукою гетьмана Дорошенка. Татари вже стояли за Чорним лісом. Дорошенко був уже готовий пустити всіх на Польщу й на Москву. В місяці лютому, 1668 року, в Гадячі, московський воєвода Огарьов і московські полковники прийшли до Бруховецького вдарити чолом. Бруховецький був дома, але не вийшов до їх. Слуги сказали воєводі, що гетьман в церкві. Воєвода послав до церкви подивитись, чи є там гетьман, гетьмана в церкві не було. Огарьов пішов до церкви, а полковники пішли до дому. Після того, на половині служби божої, Бруховецький послав за московським полковником, Німцем Йоганом Гульцом і сказав йому, що прийшли з Січи Запорожці і намагаються, щоб московське військо виходило з України, так, ви московські полковники, виходьте собі з наших городів. Бруховецький покликав воєводу Огарьова і сказав йому: “Геть виходьте з наших городів! а як не вийдете, то козаки вас поб’ють”.Огарьов забрав своїх двісті Москалів і пішов до воріт. Ворота були заперті і коло воріт стояли козаки. Козаки випустили Гульца з старшиною, а воєводу й Москалів не пустили. Іван Бугай кинувся на Огарьова, козаки на Москалів. Воєвода вискочив за город, але козаки догнали його, догнали й Гульца, половину Москалів побили, половину забрали в полон. Огарьова поранили в голову і поклали в хаті у протопопа на ліки.